PlOS NEGLECT TROP D:被忽视的热带病, WGS 鉴别复发性麻风病患者的复发源头
2017-07-19 佚名 转化医学网
自从1980’s开始系统性的采用联合治疗 (MDT) 方法诊治麻风病以来，麻风病的患病率显着降低，但全世界每年仍有20万新发麻风病案例困扰人类。本研究采用NGS技术鉴别3例复发性麻风病的复发源头，区分是由于耐药菌株出现导致治疗失效，还是由于再次感染新菌株导致疾病发生，帮助临床医生评估诊疗效果以及采取进一步诊治措施。
自从1980’s开始系统性的采用联合治疗 (MDT) 方法诊治麻风病以来，麻风病的患病率显着降低，但全世界每年仍有20万新发麻风病案例困扰人类。本研究采用NGS技术鉴别3例复发性麻风病的复发源头，区分是由于耐药菌株出现导致治疗失效，还是由于再次感染新菌株导致疾病发生，帮助临床医生评估诊疗效果以及采取进一步诊治措施。
1 方法
· 伦理声明：获取国家伦理研究委员会、动物伦理研究委员会的许可。参与患者签署知情同意书。
· 实验设计：从参与巴西针对麻风病患者采取统一的MDT方法的开放性临床实验 (U-MDT/CT-BR) 的患者中选取3例确诊的麻风病复发患者。初次发病患者采集组织样本后福尔马林固定石蜡包埋。
· DNA提取：提取和富集3例复发性麻风病患者样本的DNA，不同阶段DNA质量均进行严格质量控制。
· 文库构建：提取的DNA进行建库后除去文库中的宿主DNA，对捕获后的DNA扩增和质控后，NGS测序平台测序。
· 测序分析：对原始数据进行组装后与参考数据库中的麻风杆菌基因组进行比对。两次发病时期的基因组测序结果进行单核苷酸多态性 (SNP) 分型，数目可变串联重复序列 (VNTR) 和插入和缺失标记 (inDels) 分析。
2 研究结果
3例感染患者的麻风杆菌的NGS测序结果显示未出现对利福平、氨苯砜和氧氟沙星的耐药基因，排除了疾病复发是由于耐药基因出现的可能性。NGS检测到3例患者都存在初次感染与复发后测序序列的差异。其中1例患者存在明显由于不相关麻风菌株再次感染导致麻风病的证据，而另外2例患者麻风病复发的可能性更高。
3 NGS 鉴别复发性麻风病案例的复发源头
本研究是第一例使用NGS技术检测麻风分枝杆菌的全基因组序列，揭示地方性经受治疗并痊愈的麻风病患者再次被麻风杆菌另一菌株感染的报导。通过采集临床麻风病患者的组织样本，提取麻风杆菌DNA进行测序后区分再次复发案例与再次感染案例。NGS检测和分析结果促使临床医生采取转换治疗策略或启动预防疾病传染机制，最终影响临床决策。
3例患者2次麻风病发病时期的WGS数据分析结果
(WGS distinguishes between relapse and reinfection in recurrent leprosy cases，2017)
原始出处：
Stefani, M., Avanzi, C.,Samira Bührer-Sékula.et al. . Whole genome sequencing distinguishes between relapse and reinfection in recurrent leprosy cases. PLOS Neglected Tropical Diseases,
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