【Leukemia】基因组特征发现非上呼吸消化道NKTCL加入PD-1单抗有获益

非上呼吸消化道NKTCL

NK/T细胞淋巴瘤(NKTCL)是一种独特的非霍奇金淋巴瘤亚型，好发于上呼吸消化道(UAT)，尤其是鼻腔，但也可表现在非上呼吸消化道(NUAT)，包括皮肤、胃肠道、肺等。与UAT-NKTCL相比，NUAT-NKTCL的临床特征更差，生存率更低。但由于对NUAT-NKTCL分子学发病机制的认识不足，目前其有效治疗方法仍未取得足够进展。

二代测序(NGS)技术在NKTCL中发现了涉及不同分子学功能的复发性突变，包括JAK-STAT通路、RNA解旋酶、肿瘤抑制因子和表观遗传调控因子等。将二代测序与传统病理学相结合的研究，也显著推动了病理预后生物标志物的开发。但大多数基于测序的NKTCL研究主要集中在UAT-NKTCL，而对NUAT-NKTCL进行全面的全基因组突变分析，并与UAT-NKTCL进行系统的比较，对阐明其发病机制具有重要意义，对进一步的风险评估和药物开发也至关重要。

NKTCL中PD-L1/PD-L2基因异常的发生率较高，导致PD-L1蛋白过表达，研究也证实PD-1单抗治疗NKTCL有效，但纳入的NUAT-NKTCL患者较少，因此这些患者是否从免疫检查点阻断治疗中获益仍有待确定。

《Leukemia》近日发表一项中国多中心回顾性研究，纳入UAT-和NUAT-NKTCL患者队列，患者包括全基因组测序(WGS)或全外显子组测序(WES)数据，可以全面地阐明和比较UAT-NKTCL和NUAT-NKTCL的临床特征和基因组改变。该研究的基因组分析强调了在NUAT-NKTCL患者中引入利用基因组不稳定性和相对高突变负荷的免疫疗法的必要性。作者还评估了免疫化疗在NUAT-NKTCL患者中的价值，并探索了一线免疫化疗反应的潜在生物标志物。

研究结果

患者特征

该研究回顾性纳入中国14家中心的1589例NKTCL患者，包括1393例(87.7%) UAT-NKTCL和196例 (12.3%) NUAT-NKTCL。整体患者中位年龄44岁，>60岁患者248例(15.6%)。两组患者在性别、年龄分布方面相似；但NUAT-NKTCL患者较UAT-NKTCL患者更多存在B症状(58.7% vs 44.2%，P<0.001)、PS较差(42.3% vs 11.7%，P<0.001)、Ann Arbor晚期 (70.4% vs 16.1%，P<0.001)、治疗前EBV-DNA阳性(71.4% vs 47.2%，P<0.001)、高IPI评分(57.7% vs 10.0%，P<0.001)和高PINK评分(77.0% vs 11.4%，P<0.001)(表1)。

在 NUAT 队列中，皮肤和软组织是最常见的原发病变部位 (n=72，36.7%)，其次为胃肠道 (n= 46，23.4%)。然而由于诊断后多系统广泛受累，18例患者 (9.1%) 的原发病灶未确定。

470例患者有TCR基因重排状态，其中TCR基因重排阳性172例(36.6%)。UAT-NKTCL组和NUAT-NKTCL组TCR阳性率分别为37.2%(147/395)和33.3%(25/75)，差异无统计学意义(Fisher确切概率法，P=0.601)。

治疗和结局

UAT-NKTCL患者中1237例(88.8%)一线接受化疗或放疗，几乎所有一线化疗方案均使用门冬酰胺酶或培门冬酶(n=1199, 96.9%)，其中以P-GEMOX最常用(n=736, 59.5%)。在NUAT-NKTCL治疗中，几乎所有患者(195例，99.4%)均接受化疗，其中P-GEMOX是最常用的治疗方案(n=128，65.6%)。有37例患者接受PD-1单抗(纳武利尤单抗24例，帕博利珠单抗13例)联合P-GEMOX作为一线治疗。

截至末次随访共死亡450例(28.3%)患者，中位随访时间为43.0个月。NUAT-NKTCL组的5年PFS为23.3%，明显低于UAT组(64.2%，P<0.001，图1A)，NUAT-NKTCL组的5年OS也显著低于UAT组(29.3% vs 71.1%，P<0.001，图1B)。

NUAT-NKTCL患者的肿瘤突变负荷高于UAT-NKTCL患者

对来自NUAT-NKTCL队列的36个样本进行WES，同时对来自UAT-NKTCL队列的23个WGS和36个WES样本进行WES。NUAT-NKTCL WES样本主要来源于皮肤(16例，44.4%)和胃肠道(13例，36.1%)。NUAT组平均测序深度为94.7×， UAT组平均测序深度为80.4×，差异无统计学意义(Brunner-Munzel检验，P=0.235)。UAT-NKTCL队列检测到2962个非沉默性体细胞突变，每个样本的中位突变为45个；NUAT-NKTCL队列有3713个突变，其中错义突变最常见(2944，79.3%)(图2A, B)，体细胞突变计数的中位数为每个样本83个，显著高于UAT组(Brunner-Munzel检验，P<0.001)。NUAT-NKTCL患者的肿瘤突变负荷（TMB）水平也高于UAT患者(Brunner-Munzel检验，P<0.001，图2C)。

UAT-和NUAT-NKTCL之间的共享和差异编码突变

在排除了不合理的基因后(如经常出现在非疾病特异性 WES 数据集中的基因)，编译了频繁突变基因的简明列表。队列中也经常发现以前报道的基因突变，如STAT3、DDX3X、TP53、ARID1A和TET2。且研究还确定了一系列涉及基因组不稳定调节剂的突变，其中DST(25%) 是最常见的突变基因，其次为PCNT、TRIO和TUBGCP6。（图3A）。

通过使用 Fisher 精确检验，确定了 NUAT-NKTCL 中显著更容易发生的基因突变的简短列表，包括基因组不稳定调节剂 (FASN，P=0.002；FN1，P=0.027；MKI67，P=0.006)(3B)。

NUAT-NKTCL患者涉及基因组不稳定性调节剂的基因水平CNV高于UAT-NKTCL

对拷贝数变异（CNV）的综合分析显示，UAT-和NUAT-NKTCL队列的CNV负荷相当(图4A, B)。在基因水平，几个呈复发性CNV的基因涉及不同的生物学功能，包括JAK-STAT信号通路(IL13RA1、PIK3CG)、基因组完整性(TUBGCP5、ISG15、BID、MKI67、IMPDH2等)、表观遗传修饰(KDM6A、ING3)和RNA解解酶(HELZ2、DHX16)。通过比较UAT和NUAT患者的CNV谱，发现涉及基因组不稳定性的基因，如MKI67、IMPDH2、FANCC、CDK6、TRAIP、CDC14B、MCM7、RAD23B，以及与免疫调节相关的基因，包括ISG15和TRAIP，在NUAT患者中显示出显著更高的CNV (图4C)。这些涉及基因组不稳定性和免疫调节的频繁异常，强烈提示NUAT-NKTCL患者使用免疫治疗具有潜在获益。

NUAT-NKTCL患者行免疫化疗可获得较好生存

为排除不同一线化疗方案的影响，仅纳入接受P-GEMOX方案作为一线化疗的患者进行生存分析。最终纳入128例接受P-GEMOX方案治疗的NUAT-NKTCL患者，其中37例同时接受抗PD-1免疫治疗。Kaplan-Meier分析显示，抗PD-1+ P-GEMOX组较单纯P-GEMOX化疗组的PFS(3年PFS率分别为53.9%和25.1%，P=0.02)和OS(3年OS率分别为63.7%和36.3%，P=0.03)均显著改善(图5A和图B)。91例P-GEMOX化疗组患者中，45例(ORR 49.5%)达到客观缓解，其中完全缓解(CR) 31例(34.1%)，部分缓解(PR) 14例(15.4%)；接受免疫化疗的患者ORR较高，但差异无统计学意义(62.2% vs 49.5%；P=0.242)，其中CR 16例(43.2%)，PR 7例(18.9%)。

为平衡可能影响治疗选择或临床结局的变量，作者进行了倾向性评分匹配（PSM），建立了一个包含74例患者(免疫化疗组37例和单纯化疗组37例)的队列，大多数协变量的SMD小于0.1(图5C)。PSM后两组患者的基线临床特征具有可比性。在匹配队列中，添加抗PD-1治疗仍显著改善NUAT-NKTCL患者的PFS(3年PFS率53.9% vs 17.0%，P=0.009，图5D)和OS(3年OS率63.7% vs 29.2%，P=0.01)(图5E)。

免疫化疗应答者的复发性体细胞突变

为阐明NUAT-NKTCL队列中免疫化疗应答者和无应答者之间的基因组差异，作者分析了14例免疫化疗应答的NUAT-NKTCL和10例免疫化疗无应答的NUAT-NKTCL样本的WES数据。分析显示，免疫化疗应答的NUAT-NKTCL中体细胞突变的频率较高。例如，在免疫化疗应答的NUAT-NKTCL中，PDK1(一种编码糖酵解门控酶的基因，有助于卵巢癌中PD-L1的上调)出现了共享和独有的突变(14例中的8例vs. 10例中的0例；P=0.006)。据报道，BAP1改变与不同癌症的免疫反应相关。作者发现BAP1仅在免疫化疗应答的NUAT-NKTCL中发生突变，但差异无统计学意义。此外，免疫化疗应答的NUAT-NKTCL在维持基因组稳定性的关键基因中表现出频繁的体细胞突变，包括DST、TUBGCP6、ARHGEF11、ALDH3A1、SPTBN1和TP53。还发现在免疫化疗应答者中，JAK/STAT通路中特定突变(包括JAK1、JAK3和TYK2)的发生率较高(图6A)。此外，携带JAK/STAT通路基因突变的患者表现出缓解率更高的趋势(75.0% vs 41.6%)，但差异无统计学显著性(Fisher精确检验，P=0.214，图6B)。作者还研究了TMB与免疫化疗反应的相关性，虽然应答者的平均TMB水平在绝对数值上高于无应答者(1.99 vs. 1.47) ，但差异无统计学显著性(Brunner–Munzel检验，P=0.316，图6D)。

PD-L1表达和TCR基因重排状态均与免疫化疗疗效无关

以淋巴瘤细胞5%的表达作为阳性阈值，62.5%的肿瘤样本(20/32例)为PD-L1阳性，无论患者对治疗的应答如何，PD-L1阳性率在不同患者之间均有显著差异。淋巴瘤细胞上PD-L1表达的患者间范围为0% ~ 90%(图6C)。既往研究表明，JAK/STAT通路激活可促进NKTCL中PD-L1蛋白的表达。作者还观察到，在JAK/STAT通路基因突变的患者中，PD-L1阳性的比例有增加的趋势(75.0% vs 50.0%)，但差异无统计学显著性(Fisher精确检验，P=0.400，图6B)。此外应答组和无应答组的PD-L1阳性率差异无统计学意义(13/20 vs 7/12，P=0.724)。

总结

该回顾性研究纳入UAT（n=1393）和NUAT-NKTCL（n=196）患者，利用全基因组测序(WGS)和全外显子组测序(WES)数据，发现UAT和NUAT-NKTCL患者间存在显著不同的突变谱，NUAT-NKTCL患者表现出显著的基因组不稳定性。在NUAT-NKTCL队列中，128例患者接受一线P-GEMOX化疗，其中37例还接受抗PD-1免疫治疗。在NUAT-NKTCL患者中，抗PD-1治疗显著改善了患者的PFS(3年PFS率分别为53.9%和17.0%，P=0.009)和OS (3年OS率分别为63.7%和29.2%，P=0.01)。WES显示免疫化疗应答者中涉及免疫调节和基因组不稳定性的基因突变更为频繁。

总的来说，UAT和NUAT-NKTCL在临床特征、预后和基因组改变方面存在显著差异。此外，抗PD-1免疫治疗作为一线治疗可显著改善NUAT-NKTCL患者的生存，涉及免疫调节和基因组不稳定性的基因突变是预测NUAT-NKTCL免疫化疗疗效的潜在生物标志物。该研究为NKTCL的临床分子特征提供了新的见解，为探索NKTCL的精准治疗提供了有价值的依据。当然，研究提出的免疫化疗疗效及相关生物标志物还有待进一步前瞻性研究验证。

参考文献

Chen, Z., Huang, H., Huang, H. et al. Genomic features reveal potential benefit of adding anti-PD-1 immunotherapy to treat non-upper aerodigestive tract natural killer/T-cell lymphoma. Leukemia (2024). https://doi.org/10.1038/s41375-024-02171-4