Eurosurveillance：西班牙南部特发性脑膜炎患者的非靶向基因组测序确定了托斯卡纳病毒

神经感染是全球发病率和死亡率的重要原因，仅2017年就报告了1060万例病毒或细菌性脑膜炎病例。各种病原体，包括病毒、细菌、真菌和寄生虫，都可能导致脑膜炎和脑炎。自2000年代中期以来，分子诊断测试迅速改进，多路PCR方法现在允许以高灵敏度和特异性检测脑脊液（CSF）中可能出现的各种病原体。

尽管中枢神经系统（CNS）感染的全球流行率很高，并改进了不同的诊断方法，但英国2011-2014年的一项调查发现，在很大一部分（42%）病例中，脑膜炎的原因仍然未知。此外，2005年至2010年期间在德克萨斯州休斯顿进行的一项研究估计，81%的脑膜炎患者的原因尚未确定。

诊断脑膜炎确实会带来挑战。其中之一是广泛的潜在病原体，无法仅从患者的临床表现中单独挑出或推断。为了找到原因，可能需要进行几次选择性测试，这可能会引起对其可用性和成本的考虑。另一个挑战是，由于遗传差异，病原体特异性诊断分析（分子或抗原）可能无法检测到给定的病原体。此外，诊断测试可能不会设计用于检测病原体，这些病原体不被怀疑或通常知道会导致脑膜炎，例如新获得这种能力的新兴或重新出现的病原体。

感染导致的临床情况似乎发生变化的一个例子是寨卡病毒，尽管自1947年以来就知道，但它只在2014-2016年在太平洋和南美洲广泛传播后才与神经疾病的风险有关。最后，由于脑脊液中的病原体数量可能因感染那一刻而异，患者寻求医疗护理的时间或采样的时间可能会影响可靠检测的机会（由于病原体的清除或其数量低于测试检测阈值）。

代谢下一代测序（mNGS）是诊断传染病的一种有前途的方法，因为它可以克服PCR等传统诊断技术面临的一些挑战。例如，mNGS有可能捕获生物样本中存在的任何病原体的基因组信息，从而节省了对广泛病原体特异性测试的需要。由于其不偏不倚的性质，mNGS还可以识别与以前已知的新型（对特定地区或人群）或高度不同的病原体，包括新的重组形式或呈现非典型神经表现的形式。此外，mNGS提供病原体基因组数据，这是公共卫生领域日益利用的资源。

2023年11月9日发表在Eurosurveillance的文章，研究人员使用mNGS回顾性分析西班牙南部（安达卢西亚地区）无菌脑膜炎患者剩余的脑脊液样本，这些患者在常规临床试验后没有发现任何原因。2015-2019年在西班牙南部住院的无菌脑膜炎且传统测试未发现病因的患者的脑脊液（CSF）样本接受了mNGS。患者的人口特征已被记录下来，医生询问了他们最近的昆虫叮咬情况。对获得的病毒基因组序列进行了系统发育分析。

研究结果显示，在23例特发病例中，8例（均为男性；中位年龄：39岁，范围：15-78岁）。五例病例生活在城市环境中，三例发生在秋季，只有一例回忆起昆虫叮咬。TOSV段序列的系统发育分析支持了一个基因型内重组事件。

2015-2019年西班牙安达卢西亚阴性对照组、阳性对照组和特发性无菌脑脊液样本中（A）住院时间长度和（B-C）血细胞丰度的比较

综上所述，为了减少这些数字，研究人员的工作要求（i）为TOSV检测安达卢西亚出现肠病毒和疱疹病毒阴性无菌脑膜炎的患者，无论他们回忆起昆虫叮咬、夏季或农村生活，以及（ii）将TOSV作为西班牙南部医院常规实验室测试神经小组的目标。最后，这项工作展示了mNGS在直接识别CSF中的病毒病原体方面的实用性，并为促进TOSV全基因组测序提供了方法改进。检测一种新的、与疾病相关的重组TOSV强调了全基因组监测监测病毒传播和演变的重要性。

原文出处

Untargeted metagenomic sequencing identifies Toscana virus in patients with idiopathic meningitis, southern Spain, 2015 to 2019 Gámbaro, Fabiana and Pérez, Ana Belén and Prot, Matthieu and Agüera, Eduardo and Baidaliuk, Artem and Sánchez-Seco, María Paz and Martínez-Martínez, Luis and Vázquez, Ana and Fernandez-Garcia, María Dolores and Simon-Loriere, Etienne, Eurosurveillance, 28, 2200913 (2023), https://doi.org/10.2807/1560-7917.ES.2023.28.45.2200913